Miessakit ry:n perustamisen taustalla oli seniorikouluttaja Antti-Veikko Perheentuvan yhdessä puolisonsa Britt-Marie Perheentuvan kanssa kehittämä ajatus siitä, että miehet ja naiset tarvitsevat uudenlaista, omalle sukupuolelle rauhoitettua tilaa muuttuneen yhteiskunnan tuominen mahdollisuuksien ja haasteiden ymmärtämiseksi.
Sosiaaliseen hyvinvointiin liittyvät kysymykset ovat monilta osin samanlaisia miehille ja naisille, mutta biologiasta ja sosiokulttuurisista tekijöistä muodostuvien, sukupuolelle ominaisten tekijöiden merkitys on niin huomattavaa, että toisiaan tukevan kumppanuuden tueksi todettiin tarvittavan myös miehille ja naisille omia yhteisöjä.
Tätä tarkoitusta varten Antti-Veikko Perheentupa kokosi 1980-luvun loppupuolella ja 1990-luvun alkupuolella vain miehille tarkoitettuja kasvuryhmiä, joissa toinen toistaan peilinä käyttäen lähdettiin hakemaan aineksia omaan henkiseen kasvuun. Ryhmissä mukana olleet miehet kokivat toiminnan niin merkittäväksi, että lähtivät yhdessä Perheentuvan kanssa perustamaan yhdistystä, jonka tavoitteeksi tuli valtakunnallisen, miehille tarkoitetun sosiaalisen tukiverkoston rakentaminen. Miessakit ry:n perustamiskokous pidettiin vuonna 1995.
Raha-automaattiyhdistys (ja sittemmin STEA/Veikkaus) on tukenut Miessakit ry:n toimintaa koko toimintahistorian ajan. Vuoden 1996 alussa saatu ensimmäinen kolmivuotinen tukipaketti mahdollisti toiminnan määrätietoisen käynnistämisen. Alkuajan toiminta keskittyi erityisesti miesten vertaisryhmätoiminnan kehittämiseen. Yhdistys koulutti ryhmien ohjaajia, tiedotti ryhmien olemassaolosta ja tuki niiden toimintaa. Samalla käynnistettiin Miesfoorumi-toimintaa, jonka tavoitteena oli kaikille avointen keskustelutilaisuuksien myötä pohtia yhteiskuntaa ja miehenä olemisen suhdetta siihen. Miessakit ry oli mukana rakentamassa myös vuotuisia valtakunnallisia miespäiviä Tampereella nimellä Mitä kuuluu, Väinö?. Alkuvaiheen kokonaistoiminnan myötä saatiin koottua merkittävää tietoa miehille erityisistä hyvinvointihaasteista.
Vuodesta 1997 alkaen Miessakit ry on käynnistänyt kohdennettuja toimintamuotoja yleisimpien miesten sosiaalisen tuen tarpeiden kohtaamiseksi. Tällaisia toimintamuotoja ja hankkeita ovat muun muassa Perheväkivaltatoiminta (Lyömätön Linja), Erokriisitoiminta (Erosta Elossa), Isätoiminta (Isyyden Tueksi) ja Maahanmuuttajatoiminta (Vieraasta Veljeksi).
Näiden pitkälti ammatilliseen osaamiseen perustuvien palvelutoimintojen ohella Miessakit ry on ylläpitänyt matalakynnyksisempää toimintaa, jossa vertaisryhmätoiminnan tuottaman sosiaalisen hyvinvoinnin rinnalla on huolehdittu myös fyysisestä ja henkisestä hyvinvoinnista mm. liikunnan ja kulttuurin keinoin. Vuonna 2000 yhdistys nimesi paikallistoimintoja tukevan Yhdysmiehistön, jonka mahdollistava verkosto kattaa vuonna 2010 jo 25 paikkakuntaa Suomessa. Näin alkuperäiseen perustamisideaan liittyvä miesten oma tukiverkosto on mahdollistunut, ja tänä päivänä tavoitteena on syventää kyseisen verkoston toimintamahdollisuuksia entisestään.
Miessakit ry on myös koko toimintahistoriansa ajan ollut mukana vaikuttamassa yleiseen yhteiskuntakehitykseen tuottamalla mieserityistä näkökulmaa hyvinvointi- ja tasa-arvopolitiikan toimijoiden tueksi. Tavoitteena on ollut, että miehenä olemisen erityiskysymyksistä ja myös miesten ongelmista on käytettävissä rakentavaa syvätietoutta, jotta aiotut kehittämistoimet aidosti tukisivat myös miehiä, ja jotta eri toimien tavoitteet konkretisoituisivat. Perusarvona tässä työssä on ollut, että mies- ja naiserityisen tiedon lisäksi rakentamisessa tarvitaan sukupuolten välistä, toisia kunnioittavaa ja tukevaa yhteistyötä.
Merkittävä erityispiirre Miessakit ry:n toiminnassa on ollut se, että kaikki toiminta toteutetaan miesvoimin. Näin toimien on kyetty kehittämään sellaista toimintaa, joka tuntuu miehistä itsestään omimmalta. Tämä syväymmärryksen kierre, miesten rakentava ja positiivinen voimaantuminen on tuottanut hyvää sosiaaliseen hyvinvointiin liittyvää kehitystä myös miesten läheisille, ja sitä kautta koko yhteiskunnalle.
2000-luvulla Miessakit ry:n toimintaan on tullut mukaan uusi ulottuvuus, johon liittyy toiminnan kautta saatavan tiedon jakaminen mm. ammatillisen täydennyskoulutuksen keinoin. Tätä varten perustettu Miestyön Osaamiskeskus -yksikkö tarjoaa koulutuksia, joista osa on edelleen vain miehille suunnattuja (koska mieserityinen osaaminen tarvitsee vieläkin oman aikansa kehittyäkseen tarvittavalla tavalla), mutta myös naisia varten on kehitetty merkittäviä kokonaisuuksia. Tämän taustalla on se, että niistä ammatti-ihmisistä, jotka kohtaavat eri rakenteissa miehiä sosiaaliseen hyvinvointiin liittyen, suurin osa on naisia, ja hekin tarvitsevat mieserityisen osaamisensa ylläpitoa.