Miessakit ry:n ylintä päätösvaltaa käyttää yhdistyksen jäsenten valitsemista valtuutetuista koostuva valtuusto. Yhdistyksen asioita hoitaa hallitus, johon kuuluvat valtuuston syyskokouksen valitsemat puheenjohtaja sekä vähintään kolme, enintään kymmenen jäsentä. Yhdistyksen käytännön toiminnasta vastaa toiminnanjohtaja.
